Trojan zemřel ve středu 7. října. Do českých dějin se zapsal především 25. ledna 1969, kdy promluvil nad hrobem studenta Jana Palacha, který se upálil na protest proti okupaci Československa a rezignaci společnosti. Trojan Palacha osobně znal z evangelického sboru v Libiši. Ve smutečním projevu vyzdvihl především mravní rozměr jeho oběti.
Palachův pohřeb se stal jednou z největších veřejných manifestací po srpnové okupaci. S mladým studentem se přišly rozloučit desetitisíce lidí. Při obřadu v Karolinu vystoupili také tehdejší rektor Univerzity Karlovy Oldřich Starý, děkan filozofické fakulty Jaroslav Kladiva a zástupci studentů Zdeněk Touš a Michael Dymáček. Smuteční průvod následně prošel centrem Prahy.
K osobnostem spojeným s posledním rozloučením patřil rovněž sochař Olbram Zoubek, který krátce po Palachově smrti tajně sejmul jeho posmrtnou masku. Jeden z odlitků předal studentům protestujícím na Václavském náměstí. Zoubek zemřel v červnu 2017 ve věku 91 let. Jeho posmrtná maska se stala jedním z nejznámějších symbolů Palachovy oběti.
Trojan se později dostal do konfliktu s komunistickým režimem, který mu v roce 1974 odebral státní souhlas k výkonu duchovenské činnosti. Podepsal Chartu 77 a pořádal bytové semináře. Po pádu komunismu se stal děkanem teologické fakulty a v roce 1998 obdržel od prezidenta Václava Havla Řád Tomáše Garrigua Masaryka.
